肛门两侧长很多小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹、外痔、传染性软疣等疾病引起，也可能是肛管直肠癌、直肠息肉等其他疾病导致。建议及时就医，明确诊断后采取相应的治疗措施，并注意保持肛门周围的清洁卫生。
肛门两侧长很多小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致，主要通过性接触传播。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。红色或污灰色。根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积，致有恶臭，且可因搔抓而引起继发感染。本病常无自觉症状，部分病人可出现异物感、痛、痒感或性交痛。直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。
2.扁平湿疣：为二期梅毒的表现之一。好发于肛周、外生殖器、会阴、腹股沟及股部内侧。初起为米粒大或更大的扁平丘疹，逐渐增大而形成斑块，表面湿润柔软，为正常皮色或淡红色，或粉红色，境界清楚，上覆少量鳞屑，无明显自觉症状。有时可自行消退，多呈持续或间歇性发作。
3.肛门湿疹：是肛肠科常见的一种过敏性皮肤病。以瘙痒、有分泌物渗出、皮疹呈多形性、易复发为主要特点。任何年龄的人，均可发生。湿疹的病因和发病机制相当复杂，涉及体内、外多种因素。过敏是发生湿疹的重要原因。
4.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。外痔表面盖以皮肤，可以看见，不能送入肛内，不易出血，以疼痛和有异物感为主要症状。临床常分为结缔组织外痔、静脉曲张性外痔、炎性外痔和血栓外痔。
5.传染性软疣：俗称“水猴子”，是一种病毒性传染性皮肤病。本病的传染途径可有直接接触和间接接触，直接接触也包括了性接触的内容，故世界卫生组织将其列入性传播性疾病之中。
6.其他：如肛管直肠癌、直肠息肉等也可导致肛门周围出现小疙瘩。
如果发现肛门两侧长了很多小疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持肛门周围的清洁卫生，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。