肛门两侧长很多小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹、外痔或传染性软疣，不同疾病的症状和治疗方法不同，需要及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。
肛门两侧长很多小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣
2.扁平湿疣
3.肛门湿疹
4.外痔
5.传染性软疣
以下是针对这些情况的具体分析：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。肛门尖锐湿疣通常表现为肛门周围或肛管内的小疙瘩，逐渐增大并融合成菜花状或鸡冠状，表面湿润，易出血。治疗方法包括冷冻、激光、电灼等物理治疗，以及外用药物治疗。同时，性伴侣也需要接受检查和治疗，以避免交叉感染。
2.扁平湿疣：是二期梅毒的皮肤损害，主要通过性接触传播。肛门扁平湿疣表现为扁平的丘疹或斑块，表面湿润，可有渗出或糜烂。除了梅毒血清学检查外，还需要进行组织病理学检查以明确诊断。治疗方法主要是青霉素治疗。
3.肛门湿疹：是一种常见的肛门皮肤病，与过敏、局部刺激、感染等因素有关。肛门湿疹表现为肛门周围的丘疹、水疱、糜烂、渗出、结痂等，伴有瘙痒。治疗方法包括保持局部清洁、干燥，外用糖皮质激素乳膏、氧化锌软膏等，严重者可口服抗组胺药物或短期使用糖皮质激素。
4.外痔：是肛门口的静脉团块，通常在肛门缘可见到柔软的肿块，表面覆盖皮肤。外痔一般无明显症状，只有在发生血栓或感染时才会出现疼痛、肿胀等症状。治疗方法主要是保守治疗，包括外用痔疮膏、栓剂，口服药物等。严重者需要手术治疗。
5.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，主要通过直接接触传播。肛门传染性软疣表现为米粒至豌豆大小的丘疹，中央有脐凹，可挤出乳酪样物质。治疗方法主要是刮除疣体，然后外用碘酊或莫匹罗星软膏等。
总之，肛门两侧长很多小疙瘩可能是多种疾病的表现，需要及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，要注意保持局部清洁、干燥，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。