肛门两侧长很多小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹、外痔或传染性软疣，具体原因需要就医检查，明确诊断后在医生的指导下进行治疗。
肛门两侧长很多小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣
2.扁平湿疣
3.肛门湿疹
4.外痔
5.传染性软疣
以下是对这些情况的具体分析：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性传播。肛门周围的尖锐湿疣通常表现为菜花状或鸡冠花状的赘生物，表面湿润，触碰易出血。治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和免疫调节剂（如干扰素等）。
2.扁平湿疣：是二期梅毒的皮肤损害表现，常发生于肛门周围。扁平湿疣呈扁平的暗红色斑块，表面有大量梅毒螺旋体，传染性强。治疗方法主要是驱梅治疗，即使用青霉素等抗生素。
3.肛门湿疹：是一种常见的非传染性皮肤病，与过敏、局部刺激、感染等因素有关。肛门湿疹表现为红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等，伴有瘙痒。治疗方法包括避免诱因、局部外用药物（如炉甘石洗剂、糖皮质激素乳膏等）、口服药物（如抗组胺药、维生素C等）。
4.外痔：是肛垫下移或静脉曲张引起的静脉团块，位于肛门齿状线以下。外痔通常无明显症状，当发生血栓或炎症时，会出现肛门疼痛、肿胀。治疗方法包括调整饮食、保持大便通畅、局部外用药物（如痔疮膏、栓剂等）、口服药物（如迈之灵、地奥司明等）和手术治疗。
5.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，好发于儿童和青年人。肛门周围的传染性软疣表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。治疗方法是用消毒镊子挤出疣体，然后外用碘酊等消毒剂。
如果发现肛门两侧长很多小疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持肛门清洁，避免搔抓和摩擦，避免不洁性行为。