睾丸隐隐作痛是否会自愈，取决于引起疼痛的原因。以下是一些可能导致睾丸隐隐作痛的原因及相应的处理方式：
1.睾丸扭转：这是一种急症，需要立即就医。睾丸扭转会导致睾丸血液供应中断，如不及时治疗，可能会导致睾丸坏死。如果怀疑睾丸扭转，应立即前往急诊科就诊。
2.附睾炎或睾丸炎：这是睾丸疼痛的常见原因。附睾炎是附睾的炎症，睾丸炎是睾丸的炎症。这两种情况通常需要使用抗生素治疗。在医生的指导下按时服药，通常可以缓解疼痛。
3.精索静脉曲张：精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲。可导致阴囊局部持续或间歇坠胀疼痛、隐痛和钝痛，可向下腹部、腹股沟区或后腰部放射，劳累或久站后及行走时症状加重，平卧休息后症状减轻或消失。症状轻者可仅使用阴囊托带或穿紧身内裤，症状重者可考虑手术治疗。
4.睾丸损伤：如果睾丸受到直接的损伤，如撞击、踢伤等，可能会导致疼痛。在这种情况下，疼痛可能会持续一段时间，具体取决于损伤的严重程度。如果疼痛严重或伴有肿胀、淤血等症状，应及时就医。
5.其他原因：睾丸隐隐作痛还可能与其他疾病有关，如前列腺炎、精囊炎、腹股沟疝等。这些情况需要进一步的检查和治疗。
需要注意的是，有些情况下，睾丸隐隐作痛可能是严重疾病的信号，如睾丸肿瘤。因此，如果睾丸疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、恶心、呕吐等，应及时就医，进行详细的检查和诊断。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
此外，在等待就医或治疗期间，应注意以下几点：
休息：避免长时间站立或行走，尽量卧床休息。
冷敷：用冰袋或冷毛巾敷在阴囊上，每次15-20分钟，每天数次，有助于减轻疼痛和肿胀。
避免刺激：避免穿过紧的内裤、长时间骑车、泡热水澡等，这些可能会加重疼痛。
注意个人卫生：保持阴囊清洁干燥，勤换内裤。
总之，睾丸隐隐作痛是否会自愈，需要根据具体情况来判断。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，应及时就医，以便早期诊断和治疗。