头部 CT 和核磁共振在原理、观察目的、检查禁忌及检查特点方面存在不同，CT 利用 X 射线断层扫描成像，主要观察脑出血、骨折，检查速度快，一般无特殊禁忌；核磁共振利用磁场和氢质子共振成像，对软组织疾病诊断效果好，尤其对早期脑血栓有优势，但对金属置入物及部分幽闭恐惧症患者为禁忌。
头部CT和核磁共振的不同主要体现在以下几个方面：
1.原理不同
头部CT是利用X射线进行头颅断层扫描后成像。
核磁共振是利用磁场和人体内氢质子发生共振成像。
2.观察目的不同
头部CT主要观察有无脑出血、有无骨折。
核磁共振对于软组织分辨率非常高，在缺血性疾病、软组织疾病方面有优势，比如脑血栓，尤其对于早期和超早期脑血栓（2个小时之内）通过特殊成像序列可以早早发现。
3.检查禁忌不同
核磁共振对于金属置入物，如心脏支架属于检查禁忌。部分有幽闭恐惧症的患者也不能做核磁共振检查。
CT一般没有此类禁忌。
4.检查特点不同
核磁共振的优点是对软组织疾病的诊断效果好。
CT的优点是检查速度快，但对于软组织，尤其对超早期脑血栓的诊断作用较低。