准确性方面
电子体温计和水银体温计在准确程度上都能满足临床及日常体温测量需求，但在具体细节有差异。电子体温计一般测量误差在±0.1℃-±0.2℃左右，其测量原理是通过温度传感器将温度信号转换为电信号，再经过单片机处理后显示温度值。而水银体温计的测量误差通常在±0.1℃-±0.3℃左右，它是利用水银的热胀冷缩性质来测量体温，当体温计受热时，水银柱会上升，通过读取水银柱到达的刻度来确定体温。对于一般人群日常体温监测，两者的测量误差范围都在可接受的临床及生活应用范围内。
测量速度方面
电子体温计测量速度相对较快，一般1分钟左右就能得出体温结果。例如常见的快速电子体温计，可能几十秒就能显示出准确的体温数值，这对于需要快速了解体温情况的人群比较方便，像儿童在测量体温时可能会因为不配合而更适合使用测量速度快的体温计。水银体温计测量相对较慢，通常需要3-5分钟才能准确读取体温值，而且在测量过程中需要保持体温计处于正确位置并等待足够时间，对于好动的儿童或者不太能配合长时间测量的人群来说，使用起来可能不太方便。
安全性方面
水银体温计存在安全隐患，若破碎后水银泄漏，水银挥发的汞蒸气会造成中毒风险，尤其是有儿童的家庭，儿童可能会误触或误食水银。而电子体温计不存在这种汞泄漏的安全问题，使用更加安全。对于有儿童的家庭，选择电子体温计相对更能避免因体温计破碎带来的健康风险；对于成年人，如果能够正确使用和妥善保管水银体温计，也可以正常使用，但要注意避免破碎情况发生。
便利性方面
电子体温计大多小巧便携，很多还具备记忆功能、蜂鸣提示等功能，使用较为便捷。比如一些可口腔、腋下、直肠多种部位测量的电子体温计，操作简单，不同部位测量有相应提示，方便不同场景下使用。水银体温计使用时需要蘸取适量润滑剂，使用后还需要进行清洗和消毒等操作，相对电子体温计来说便利性稍差。对于行动不便或者需要经常在不同环境下测量体温的人群，电子体温计的便利性优势更明显；而对于一些习惯使用传统水银体温计的人群，可能在短期内会觉得电子体温计使用方式有差异，但随着使用会逐渐适应。
稳定性方面
电子体温计的稳定性相对较好，受环境温度影响较小。在不同环境温度下，只要正常工作，其测量的体温值相对比较稳定。而水银体温计受环境温度影响较大，如果周围环境温度变化较大，可能会影响水银体温计的测量准确性，比如在寒冷环境中放置一段时间后再测量，可能会因为体温计本身温度与环境温度差异较大而导致测量结果不准确。对于在不同环境温度下都需要准确测量体温的人群，如经常在户外工作且需要随时监测体温的人员，电子体温计的稳定性更有保障；对于在相对稳定环境中使用的情况，两者稳定性差异可能不明显。