胶原蛋白肽一般情况下副作用较少，但部分人群可能出现以下情况
过敏反应：极少数对胶原蛋白肽过敏的人群可能出现过敏症状，如皮肤瘙痒、皮疹、红肿，严重时可能出现呼吸困难等。这是因为个体的免疫系统对胶原蛋白肽中的特定成分产生异常免疫应答。例如，有研究报道部分过敏体质者在摄入胶原蛋白肽后出现过敏相关表现。
消化道不适：过量服用胶原蛋白肽可能导致消化道不适，如腹胀、恶心、呕吐等。这是由于胃肠道对过量的外源蛋白质消化吸收负荷增加，影响正常的消化功能。一般正常剂量下发生概率较低，但对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的人，过量摄入可能更易出现此类症状。
与药物相互作用：如果正在服用其他药物，胶原蛋白肽可能与某些药物发生相互作用。虽然这种情况相对较少见，但理论上存在可能性。例如，可能影响某些药物的吸收、代谢等过程。不过具体的相互作用情况还需进一步的研究明确，但在用药期间同时摄入胶原蛋白肽时需谨慎，最好咨询医生或药师。
特殊人群需特别注意
孕妇和哺乳期女性：目前关于孕妇和哺乳期女性摄入胶原蛋白肽的安全性研究还不是非常充分。一般建议在没有医生特别指导下，谨慎摄入。因为需要考虑胶原蛋白肽对胎儿或婴儿的潜在影响尚不明确，为了安全起见，最好在专业医疗人员评估后再决定是否使用。
儿童：儿童的消化系统、免疫系统等还处于发育阶段，胶原蛋白肽对于儿童的适宜性和安全性需要更多研究证实。一般不建议儿童常规摄入胶原蛋白肽，除非有专业医生基于特定医疗需求进行评估后认为可以使用，因为儿童的营养需求应该主要通过均衡的饮食来满足，过量或不恰当摄入外源的胶原蛋白肽可能会干扰儿童自身正常的生长发育相关的营养代谢等过程。
有自身免疫性疾病患者：自身免疫性疾病患者的免疫系统处于异常活跃状态，摄入胶原蛋白肽可能会对免疫系统产生一定影响，增加免疫反应异常加剧的风险。这类患者在考虑摄入胶原蛋白肽前应咨询风湿免疫科等相关专科医生，评估风险后再做决定。