胶原蛋白肽一般情况下副作用较少，但可能存在以下情况
过敏反应：虽然较为罕见，但部分人群可能对胶原蛋白肽过敏，出现皮肤瘙痒、皮疹、红肿，甚至呼吸困难等症状。有过敏体质的人群在首次食用或使用含胶原蛋白肽产品时需格外谨慎，若出现过敏迹象应立即停止摄入并就医。比如有明确海鲜过敏史的人群，在选择含胶原蛋白肽产品时要确认原料来源，因为胶原蛋白可能来自鱼类等，存在引发过敏的风险。
消化功能影响：过量摄入胶原蛋白肽可能会加重胃肠道负担，引起消化不良，出现腹胀、腹痛、恶心、呕吐等症状。对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的患者，更要注意适量摄入。一般建议根据自身消化能力合理控制胶原蛋白肽的摄入量，若本身有胃肠道基础疾病，可在医生指导下调整食用量。
与药物相互作用：目前虽相关研究相对较少，但不排除胶原蛋白肽与某些药物发生相互作用的可能。例如正在服用特定药物进行治疗的人群，在摄入胶原蛋白肽前最好咨询医生，以评估是否存在潜在的相互作用风险。比如正在服用抗凝药物的患者，需考虑胶原蛋白肽对凝血功能等方面可能产生的影响。
特殊人群方面：
孕妇和哺乳期女性：目前关于孕妇和哺乳期女性摄入胶原蛋白肽的安全性研究还不够充分，为谨慎起见，一般建议在医生评估后再决定是否摄入。因为需要考虑胶原蛋白肽对胎儿或婴儿发育等多方面的潜在影响，不能盲目自行补充。
儿童：不建议儿童常规摄入胶原蛋白肽，儿童的身体处于生长发育阶段，其营养需求应主要通过均衡的饮食来满足，如从正常的肉类、蛋类、奶制品、蔬菜水果等食物中获取足够的蛋白质等营养物质，过早或过量给儿童补充胶原蛋白肽可能干扰正常的生长发育平衡。