药物成分方面
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼药膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱方面
红霉素眼膏对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌等有较强的抗菌作用，对部分革兰阴性菌如流感嗜血杆菌等也有一定抗菌活性。金霉素眼药膏对许多革兰阳性菌及沙眼衣原体等有抗菌作用，对革兰阴性菌中的肠道杆菌等也有一定作用，但目前由于耐药等问题，其抗菌应用有一定局限性。
适应证方面
两者都可用于治疗沙眼、结膜炎、角膜炎等眼部感染性疾病，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。但在具体应用中，可能会根据感染病原体的不同而有所侧重，比如某些特定细菌感染可能更适合其中一种药物。
不良反应方面
两者都可能引起眼部刺激症状，如用药后出现短暂的刺痛感等，但一般较为轻微。不过，红霉素眼膏相对来说不良反应发生几率可能相对较低一些，金霉素眼药膏长期或大量使用可能有引起耐药及其他潜在风险的可能。
特殊人群注意事项
对于儿童，使用时都要谨慎，需在医生指导下使用。因为儿童眼部发育尚未完全成熟，药物的吸收、代谢等与成人有差异，不当使用可能影响眼部健康。孕妇及哺乳期女性使用时也需要咨询医生，因为药物可能通过眼部吸收进入体内，对胎儿或婴儿产生影响。老年人使用时同样要关注眼部反应，如有不适及时就医。