药物成分方面
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼药膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱方面
红霉素眼膏对革兰阳性细菌如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等有较强的抗菌活性，对部分革兰阴性菌也有一定作用。金霉素眼药膏对革兰阳性菌、革兰阴性菌均有一定抗菌作用，对衣原体、支原体等也有一定效果，但因耐药情况等因素，其抗菌谱的实际应用情况会受影响。
适应证方面
两者都可用于治疗细菌性结膜炎、睑腺炎（麦粒肿）等眼部细菌感染性疾病。但在一些特定情况的适用性可能有差异，比如对于某些特定耐药菌感染的针对性可能不同。
不良反应方面
两者都可能引起眼部的刺激症状，如用药部位有灼烧感、红肿等，但发生概率和严重程度可能因个体差异及使用情况有所不同。一般来说，都要注意如果用药后刺激症状明显加重或出现其他异常反应需及时停药就医。对于特殊人群，如儿童，使用时更要谨慎观察是否出现不良反应，因为儿童的眼部组织更娇嫩，对药物刺激等的耐受能力相对较弱。
剂型特点方面
眼膏剂的特点是在眼部停留时间相对较长，能持续发挥药效，但可能会在用药初期有短暂的视物模糊等情况，不过通常很快会缓解。两者都是眼膏剂型，在使用时都要注意先清洁双手，避免污染药物。对于儿童，家长在协助使用时要更加轻柔，防止造成眼部不适或损伤。
储存条件方面
都需要密封保存，放在阴凉处等，避免高温等影响药物质量。特殊人群如儿童，要将药物放置在儿童不易接触到的地方，防止儿童误拿误用。