成分与性状差异
红霉素眼膏：主要成分是红霉素，属大环内酯类抗生素，性状为淡黄色或黄色软膏。
金霉素眼药膏：主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素，性状为黄色软膏。
抗菌谱差异
红霉素眼膏：对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、肺炎链球菌等有较强的抗菌活性，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定作用，对支原体、衣原体等非典型病原体也有抗菌作用。
金霉素眼药膏：对许多革兰阳性菌及一些革兰阴性菌均有抗菌作用，对衣原体、支原体等也有一定效果，但对耐药金黄色葡萄球菌的作用较红霉素相对弱些。
适应证差异
红霉素眼膏：常用于沙眼、结膜炎、角膜炎等眼部感染性疾病，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。
金霉素眼药膏：主要用于细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎，也用于治疗沙眼。
不良反应及禁忌差异
红霉素眼膏：不良反应较少见，偶见眼睛疼痛、视力改变、持续性发红或刺激感等，对红霉素过敏者禁用。
金霉素眼药膏：可能引起局部刺激，如灼烧感、红肿等，长期使用可能导致耐药菌过度生长等，对四环素类药物过敏者禁用。
对于儿童等特殊人群，使用时都需谨慎，应在医生或药师指导下应用。儿童眼部感染时，要注意避免药物进入口、鼻等，且需严格按照适用的适应证和安全剂量范围来选用，若用药后出现不适要及时就医。