药物成分方面
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼药膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱方面
红霉素眼膏对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、链球菌等具有较强的抗菌活性，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定作用。金霉素眼药膏对多种革兰阳性菌及革兰阴性菌均有抗菌作用，对衣原体属、支原体属等也有一定效果，但由于耐药情况等因素，其抗菌谱的具体表现会因个体差异和细菌耐药性变化而有所不同。
适应证方面
两者都可用于治疗细菌性结膜炎、麦粒肿（眼睑腺体的急性化脓性炎症）及细菌性眼睑炎等。但在一些特定情况的适用性上可能有差异，例如对于某些特定耐药菌感染的针对性可能不同。
不良反应方面
两者都可能引起眼部的刺激症状，如用药后眼部有轻微的灼烧感、刺痛感等，但一般较为轻微。不过，由于药物成分不同，个体对其不良反应的耐受和表现可能有差异。比如，个别患者使用红霉素眼膏可能出现局部过敏反应，如眼部瘙痒、红肿等；使用金霉素眼药膏也可能有类似情况，但相对发生率可能因个体差异而不同。
特殊人群注意事项
儿童：儿童使用时都需要谨慎，由于儿童的眼部组织较为娇嫩，在使用过程中要注意避免药物进入口腔等其他部位。如果是婴幼儿，更要严格遵循医生指导，因为其肝肾功能等尚未发育完全，药物代谢等与成人不同，使用不当可能带来潜在风险。比如，儿童使用时应在成人监护下进行，确保正确的用药方法和剂量（虽然不能提及具体剂量，但要强调严格遵医嘱）。
孕妇及哺乳期妇女：孕妇和哺乳期妇女属于特殊人群，使用时需要权衡利弊。因为药物可能会通过局部吸收等途径对胎儿或婴儿产生影响，所以必须在医生评估后谨慎使用，医生会根据具体情况判断是否使用以及选择相对更安全的药物等。
储存条件方面
两者都需要密封保存，置于阴凉处（一般指不超过20℃），避免高温等环境影响药物质量。不同的是，可能因为成分稳定性等因素，在具体储存细节上可能有极细微差别，但总体都要遵循药品储存的基本要求来保证药物的有效性和安全性。