麝香保心丸在合理用药情况下副作用相对较少，但也可能存在一些情况。
胃肠道不适
部分患者服用后可能出现胃部不适，如轻度胃痛、胃胀等，这与药物成分对胃肠道的刺激有关，一般症状较轻，多数人可耐受。
过敏反应
少数过敏体质者可能对麝香保心丸中的某些成分过敏，出现皮疹、瘙痒等过敏表现，此时应立即停药并就医。
舌下含服时的特殊反应
舌下含服时可能有麻舌感，这是药物成分的正常反应，一般不影响继续用药，但如果麻舌感持续不缓解或加重需关注。
特殊人群需谨慎
孕妇禁用麝香保心丸，因为其成分可能对胎儿产生不良影响；老年患者用药时需密切观察身体反应，因为老年人生理机能有所减退，对药物的耐受和反应可能与青壮年不同。