13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，可预防13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适合2岁以上特定人群，能预防23种肺炎球菌血清型感染。
覆盖血清型差异
13价肺炎疫苗覆盖的血清型相对较窄，主要针对婴幼儿易感染的常见血清型；23价肺炎疫苗覆盖血清型广泛，包含更多种类的肺炎球菌血清型。
适用人群不同
13价肺炎疫苗适用对象主要是6周龄 - 5岁婴幼儿和未接种过该疫苗的2 - 5岁儿童；23价肺炎疫苗适用于2岁以上肺炎球菌性疾病高危人群，如患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）的人群、老年人等。
免疫程序有别
13价肺炎疫苗通常需要接种4剂，在2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若免疫功能低下者，可在5年后加强接种1剂。
免疫应答特点
13价肺炎疫苗对于婴幼儿的免疫应答较好，能诱导产生较强的免疫反应；23价肺炎疫苗在成年人中的免疫应答相对稳定，但对于婴幼儿的免疫保护效果相对较弱。对于不同年龄人群，需根据自身情况选择合适的肺炎疫苗，婴幼儿优先考虑13价肺炎疫苗，高危成年人等可考虑23价肺炎疫苗等，同时要关注自身健康状况对疫苗接种的影响，如患有急性严重发热疾病时应暂缓接种等。