13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，能覆盖13种肺炎球菌血清型；23价肺炎疫苗适用于2岁以上高危人群等，可覆盖23种肺炎球菌血清型。
覆盖血清型差异
13价肺炎疫苗涵盖的血清型相对较少但针对婴幼儿等特定低龄人群，能有效预防相关常见且致病力强的血清型感染；23价肺炎疫苗覆盖血清型更多，能对更广泛的肺炎球菌血清型起到预防作用，但对2岁以下婴幼儿保护效果不如13价肺炎疫苗。
适用人群不同
13价肺炎疫苗主要推荐2岁以下婴幼儿接种，因为婴幼儿自身免疫系统发育尚不完善，接种13价肺炎疫苗可有效降低肺炎球菌性疾病风险；23价肺炎疫苗适合2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）、老年人等高危人群接种，这些人群感染肺炎球菌后重症风险较高，接种23价肺炎疫苗能提供相应保护。
免疫程序有别
13价肺炎疫苗接种程序通常是在2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若需要加强免疫间隔时间等有相应规定，但相对简单。
免疫持久性差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内的免疫持久性情况有其特点，而23价肺炎疫苗对于一些人群的免疫持久性表现也有自身特性，不过总体来说两者在免疫效果持续时间等方面因适用人群等不同而存在差异。对于老年人等人群，23价肺炎疫苗接种后免疫应答随时间可能有一定变化，而婴幼儿接种13价肺炎疫苗后免疫情况也需根据后续监测等确定。