一般来说，饭后1 - 2小时跑步减肥效果较好。此时胃肠道已有一定消化，跑步能避免因空腹跑步导致的低血糖等问题，且身体能量充足，更利于脂肪消耗。
清晨跑步
清晨人体经过一夜代谢，糖原储备相对较少。若空腹跑步，易出现头晕、乏力等低血糖症状，且脂肪分解相对不活跃。但对于喜欢早起运动的人，可适当喝些温水后再进行短时间慢跑，时间控制在15 - 20分钟，需注意有低血糖病史或糖尿病患者不宜清晨空腹跑步。
傍晚跑步
傍晚时人体的生物钟处于较好状态，身体机能较为活跃，心肺功能也达到较好水平。此时跑步，身体代谢率较高，能更高效地消耗热量。一般建议饭后1小时左右开始跑步，持续30 - 60分钟，能较好地促进脂肪燃烧。但对于有高血压且血压控制不稳定的人群，傍晚跑步需注意监测血压，避免运动后血压波动过大。
睡前跑步
睡前跑步会使身体处于兴奋状态，难以让身体快速进入休息状态，影响睡眠质量。而且跑步后身体分泌的肾上腺素等激素会抑制褪黑素分泌，不利于入睡，所以不建议睡前跑步减肥。
特殊人群需注意
老年人跑步减肥时，最好选择傍晚稍晚些时候，且跑步速度要慢，距离不宜过长，以30分钟内、速度在慢跑范畴（每分钟100 - 120步左右）为宜，同时要选择平坦、安全的场地，避免摔倒等意外。孕妇则不建议通过跑步减肥，应选择更温和的孕期运动方式，如散步等。