肛门处长了软疙瘩并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.痔疮：痔疮是肛门常见的疾病，通常是由于肛门静脉曲张引起。内痔或混合痔在脱出时可能会出现肛门肿物脱出，伴有肛门部的潮湿、瘙痒、疼痛，有时还会有便血。
2.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管、直肠周围脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。
3.直肠息肉：是直肠常见的良性肿瘤，可单发或多发，多数息肉是带蒂的圆形或椭圆形的肿物，好发于直肠下端，大便时可脱出于肛门外，大便后回缩。腺瘤样息肉为癌前期病变，若延误治疗可变成直肠癌。
4.直肠脱垂：是指肛管、直肠黏膜或直肠、部分乙状结肠向下移位，脱出肛门外的一种疾病，俗称脱肛。早期便后可自行复位，随着病情的发展，脱出物逐渐增长，便后需用手托回肛门内，伴有肛门坠胀感和排便不净感。
5.肛乳头肥大：是一种良性疾病，常表现为肛管处白色乳头状肿物，较硬，常多发。
6.肛管、直肠癌：肛管、直肠癌破溃、感染后，常会伴有分泌物增多，导致肛门部潮湿、瘙痒，伴有疼痛。
如果出现肛门处长软疙瘩并伴有疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，在日常生活中应注意保持肛门部的清洁，避免久坐、久站，饮食上应注意避免辛辣刺激性食物。