牙齿最里面的肉肿起来了，可能是由以下原因引起的：
1.智齿冠周炎：智齿是口腔内牙槽骨上最里面的第三颗磨牙，由于萌出空间不足，智齿可能无法完全长出，导致智齿周围的牙龈发炎、肿胀。
2.牙龈炎：不注意口腔卫生，食物残渣、细菌等在牙龈缘附近堆积，可能会刺激牙龈，引起牙龈炎，导致牙龈红肿、疼痛。
3.牙周炎：如果牙龈炎没有得到及时治疗，可能会进一步发展为牙周炎，导致牙槽骨吸收、牙龈萎缩等。
4.根尖周炎：牙齿龋坏后，细菌可能会感染牙髓，引起根尖周炎，导致根尖周围组织发炎，从而出现牙龈肿胀、疼痛等症状。
5.其他：牙龈瘤、口腔溃疡等也可能导致牙龈肿起来。
针对不同的原因，治疗方法也有所不同。以下是一些常见的治疗方法：
1.保持口腔卫生：每天早晚刷牙，饭后漱口，使用牙线、牙签等工具清洁牙缝，定期洗牙。
2.药物治疗：可以在医生的指导下使用抗生素、止痛药等药物缓解症状。
3.局部治疗：如对智齿冠周炎进行局部冲洗、上药等。
4.对因治疗：根据具体情况进行龋齿充填、根管治疗、牙周治疗等。
5.手术治疗：如果牙龈瘤等疾病需要手术治疗，医生会根据具体情况制定手术方案。
需要注意的是，以上治疗方法仅供参考，具体治疗方案应根据个人情况而定。如果牙龈肿起来的症状持续不缓解或加重，建议及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。此外，在治疗过程中，应注意饮食清淡，避免辛辣、刺激性食物，多喝水，多吃蔬菜水果，有助于促进恢复。