牙齿最里面的牙旁边的肉肿起来了，可能是由以下原因引起的：
1.智齿冠周炎：智齿是口腔中最后长出的牙齿，由于位置较深，容易导致食物残渣残留和细菌滋生，引起牙龈发炎、肿胀。
2.牙龈炎：不注意口腔卫生，食物残渣、牙结石等刺激牙龈，导致牙龈红肿、出血。
3.牙周炎：牙龈和牙槽骨受到炎症刺激，会导致牙齿松动、移位，同时也会出现牙龈肿胀。
4.根尖周炎：牙齿龋坏未及时治疗，细菌感染牙髓，引起根尖周炎，导致牙龈肿胀、疼痛。
5.肿瘤：牙龈上的良性或恶性肿瘤也可能导致肉肿起来。
针对不同的原因，治疗方法也有所不同：
1.智齿冠周炎：在医生的指导下，使用抗生素（如甲硝唑、阿莫西林）进行抗炎治疗，炎症消退后，可考虑拔除智齿。
2.牙龈炎和牙周炎：通过洗牙、龈下刮治等方法清除牙结石和菌斑，同时使用漱口水保持口腔清洁。
3.根尖周炎：需要进行根管治疗，即去除牙髓，消毒根管，最后填充根管。
4.肿瘤：需要进一步检查，明确肿瘤的性质，采取相应的治疗措施，如手术切除、放疗、化疗等。
此外，在日常生活中，还应注意以下几点：
1.保持口腔卫生，每天早晚刷牙，饭后漱口。
2.定期洗牙，去除牙结石和菌斑。
3.饮食清淡，避免辛辣、刺激性食物。
4.避免用牙齿咬硬物，以免损伤牙龈和牙齿。
如果牙龈肿胀严重，疼痛剧烈，或伴有其他症状，如发热、淋巴结肿大等，应及时就医，以便明确诊断，采取合适的治疗措施。