怀孕三个月自慰后出血，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：自慰可能引起子宫收缩，导致胎盘与子宫壁分离，引起出血。此外，自慰时如果不注意卫生，还可能引起宫腔感染，增加流产的风险。如果出血量较少，没有腹痛等其他不适，可以先卧床休息，观察出血情况。如果出血量较多，或伴有腹痛、腰酸等症状，应及时就医，进行保胎治疗。
2.宫颈息肉：怀孕后，体内激素水平升高，可能会使宫颈息肉增大，容易在自慰或性生活后出现出血。如果孕前检查发现有宫颈息肉，应在怀孕前进行治疗。如果孕期发现宫颈息肉，且经常出现出血，应在医生的指导下进行治疗。
3.前置胎盘：前置胎盘是指胎盘下缘达到或覆盖宫颈内口，在妊娠中晚期或分娩时，容易出现无诱因的无痛性反复阴道流血。如果在怀孕三个月时，发现前置胎盘，应注意休息，避免剧烈运动和性生活，定期复查。
4.其他：除上述原因外，怀孕期间自慰后出血还可能与其他因素有关，如阴道炎、宫颈炎、胎盘早剥等。
总之，怀孕三个月自慰后出血是一种异常情况，需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，明确出血原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免劳累和性生活，保持外阴清洁，定期产检。