怀孕初期小腹两侧隐隐作痛的原因可能是以下几种：
1.生理性腹痛：怀孕后，随着子宫的增大，两侧的附件也会被牵拉，可能会出现下腹坠胀、隐痛等不适感，这是正常的生理现象。一般不需要特殊处理，多注意休息，避免劳累和剧烈运动即可。
2.先兆流产：如果小腹两侧隐痛的同时，还伴有阴道流血、腰酸等症状，可能是先兆流产的表现。需要及时就医，进行保胎治疗。
3.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫以外的部位着床发育，常见于输卵管。宫外孕可能会导致小腹两侧隐痛，并伴有阴道流血，严重时可能会引起大出血，甚至危及生命。因此，如果怀孕初期出现小腹两侧隐痛，需要及时就医，进行B超检查，以排除宫外孕的可能。
4.其他：怀孕初期小腹两侧隐痛还可能与其他因素有关，如子宫肌瘤、卵巢囊肿、盆腔炎等。这些疾病也可能会导致下腹坠胀、疼痛等不适，但通常还会伴有其他症状，如白带异常、月经失调等。
总之，怀孕初期小腹两侧隐痛可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇在孕期应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心情，定期进行产前检查，以保障自身和胎儿的健康。