巧克力囊肿主要是子宫内膜异位到卵巢上形成的。子宫内膜本该在子宫腔内，可由于某些原因，比如经血逆流，月经期间，一部分经血会顺着输卵管逆流到盆腔，其中的子宫内膜细胞就可能种植在卵巢表面，然后逐渐生长形成囊肿，这是比较主要的一个引起原因。据统计，有10% - 15%的女性可能会出现经血逆流的情况，但并不是所有人都会发展成巧克力囊肿。
经血逆流相关因素
经期剧烈运动： 女性在月经期间如果进行剧烈运动，像快跑、跳绳等，会增加经血逆流的概率。因为剧烈运动可能会使宫腔压力增大，促使经血更容易逆流到盆腔。经期性生活： 月经期间进行性生活，也会对经血逆流产生影响。此时子宫颈口处于相对开放状态，性生活的刺激可能导致经血逆流，增加子宫内膜异位到卵巢形成巧克力囊肿的风险。
免疫因素影响
自身免疫功能异常： 当人体自身免疫功能出现异常时，免疫系统不能正常识别和清除异位的子宫内膜细胞。正常情况下，免疫系统会把异位的子宫内膜当作“异物”进行清除，但如果免疫功能失调，就无法完成这个过程，异位的子宫内膜就会在卵巢等部位持续生长，形成巧克力囊肿。遗传因素关联： 有研究发现，巧克力囊肿具有一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有巧克力囊肿，那么女性患巧克力囊肿的风险会比正常人群高一些。比如，如果母亲患有巧克力囊肿，女儿患病的概率可能会比没有家族史的人高2 - 3倍左右。
内分泌因素作用
雌激素水平影响： 雌激素对子宫内膜的生长有促进作用。体内雌激素水平过高时，会刺激子宫内膜过度生长，也更容易导致子宫内膜异位到卵巢等部位。比如长期服用含有雌激素的保健品或者药物，可能会使体内雌激素水平升高，增加巧克力囊肿的发病风险。促性腺激素影响： 促性腺激素失衡也与巧克力囊肿的形成有关。促性腺激素能够调节卵巢的功能，如果促性腺激素分泌异常，会影响卵巢的正常生理功能，进而导致子宫内膜异位相关的病变，增加巧克力囊肿的发生几率。