三个月宝宝拉肚子，可能是以下原因导致的：
1.饮食问题：宝宝的消化系统还不够成熟，可能对某些食物过敏或不耐受，比如牛奶、蛋白质等。此外，过度喂养、饮食不规律也可能导致拉肚子。
2.感染：宝宝可能感染了病毒、细菌或寄生虫，如轮状病毒、大肠杆菌等，这是引起宝宝拉肚子的常见原因。
3.肠道问题：宝宝可能患有肠道炎症、过敏或其他肠道疾病，如炎症性肠病、肠易激综合征等。
4.药物副作用：某些药物，如抗生素，可能会导致宝宝肠道菌群失衡，引起拉肚子。
5.其他因素：环境变化、气候变化、宝宝情绪紧张等也可能导致拉肚子。
针对三个月宝宝拉肚子的情况，可以采取以下措施：
1.调整饮食：如果是母乳喂养，妈妈应注意自己的饮食，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物；如果是人工喂养，可以考虑更换奶粉品牌或调整奶粉浓度。
2.补充水分：宝宝拉肚子容易导致脱水，因此要及时补充水分，可以口服补液盐或白开水。
3.注意卫生：保持宝宝的口腔、手部清洁，奶瓶、奶嘴等要定期消毒。
4.观察病情：注意观察宝宝的拉肚子情况，包括大便的次数、颜色、形状、气味等，以及是否伴有发热、呕吐、腹痛等症状。如果症状加重或持续时间较长，应及时就医。
5.就医治疗：在医生的指导下，可以使用一些药物，如蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片等，来缓解宝宝拉肚子的症状。如果是感染引起的，可能需要使用抗生素治疗。
需要注意的是，三个月的宝宝还比较小，身体各器官发育尚未成熟，因此在处理宝宝拉肚子问题时，应谨慎选择治疗方法。如果宝宝拉肚子的情况持续时间较长或症状严重，应及时就医，以便获得更专业的治疗建议。同时，在就医过程中，应如实告知医生宝宝的情况，包括喂养方式、拉肚子的时间、症状等，以便医生做出准确的诊断和治疗。