怀孕三个月胎儿停止发育的原因主要有以下几点：
1.胚胎因素：胚胎染色体异常是早期流产的主要原因。约50%-60%的早期流产是由胚胎染色体异常引起的。
2.母体因素：
内分泌异常：如黄体功能不足、多囊卵巢综合征等，可能影响胚胎发育。
子宫畸形：如子宫纵隔、子宫黏膜下肌瘤等，可能影响胚胎着床和发育。
生殖道感染：如支原体、衣原体、风疹病毒、巨细胞病毒等感染，可能导致胎儿停止发育。
其他：如严重的全身性疾病、严重的营养不良、创伤、吸烟、酗酒等，也可能增加胎儿停止发育的风险。
3.父亲因素：精子染色体异常也可能导致胚胎发育异常。
4.环境因素：如化学物质、辐射、噪音等环境因素，可能对胚胎发育产生影响。
如果出现怀孕三个月胎儿停止发育的情况，需要及时就医，进行详细的检查和诊断。医生可能会建议进行B超检查、激素水平检测、染色体检查等，以确定具体原因。治疗方法包括清宫术、药物治疗等，具体治疗方案需要根据个体情况而定。
在备孕和怀孕期间，建议保持良好的生活习惯，注意饮食均衡，避免接触有害物质，保持心情愉悦。如果有任何异常情况，应及时就医，以便早期发现和处理。