13岁女孩三个月没来月经，可能是由于以下原因：
生理原因：
下丘脑-垂体-卵巢轴尚未发育成熟：13岁女孩的下丘脑-垂体-卵巢轴尚未发育成熟，激素水平不稳定，可能导致月经不规律。
情绪因素：长期的精神压抑、紧张、焦虑、忧伤等情绪，可能影响下丘脑的功能，导致月经失调。
体重变化：过度节食或剧烈运动导致体重急剧下降或上升，可能影响激素水平，导致月经不来。
病理原因：
多囊卵巢综合征：这是一种常见的内分泌疾病，可导致雄激素水平升高、排卵障碍和月经失调。
高泌乳素血症：泌乳素水平升高可抑制卵巢功能，导致月经不来。
其他：如先天性肾上腺皮质增生、卵巢早衰等疾病，也可能导致月经异常。
如果女孩三个月没来月经，建议及时就医，进行相关检查，如性激素六项、B超等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长和女孩也应该注意以下几点：
保持良好的生活习惯：均衡饮食、适量运动、规律作息，避免熬夜、过度劳累。
缓解压力：保持心情愉悦，避免长期的精神紧张和焦虑。
注意个人卫生：保持外阴清洁，勤换内裤。
需要注意的是，由于年龄较小，女孩的生殖系统尚未完全发育成熟，月经可能会不规律。如果女孩在16岁后仍未来月经，或者月经周期过长、经量过多或过少，应及时就医，以便进行进一步的检查和治疗。