小肚子两侧疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的情况：
1.盆腔炎：女性生殖系统易发生感染，炎症可累及双侧输卵管，出现下腹坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧。
2.排卵痛：在两次月经中间，即排卵期，由于卵巢排卵，卵子破裂，卵泡液对腹膜的刺激，可能会引起小肚子两侧疼痛，一般持续几个小时，有时甚至1-2天。
3.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。若发生输卵管妊娠流产或破裂，会出现下腹部一侧撕裂样疼痛，常伴有恶心、呕吐。
4.卵巢囊肿蒂扭转：卵巢囊肿蒂扭转是妇科急腹症之一，由于体位改变或妊娠期子宫的位置改变，卵巢囊肿蒂由松变紧，牵拉卵巢导致其发生扭转。患者会突然出现下腹剧痛，呈持续性或阵发性，还可能伴有恶心、呕吐。
5.其他：男性精索静脉曲张、疝气、膀胱炎、输尿管结石等也可能导致小肚子两侧疼痛。
如果出现小肚子两侧疼的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的生活习惯和饮食习惯。