小肚子两侧疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，可能会导致小肚子两侧疼痛，还可能伴有白带异常、异味、发热等症状。治疗方法包括使用抗生素、消炎药等药物，同时注意个人卫生，避免过度劳累和性生活。
2.附件炎：如果女性患有附件炎，也会出现小肚子两侧疼痛的症状，同时可能伴有月经不调、白带增多等症状。治疗方法主要是使用抗生素进行抗炎治疗，同时可以配合物理治疗等方法。
3.排卵期疼痛：在排卵期，女性可能会出现小肚子两侧轻微疼痛，这是由于排卵过程中卵泡破裂和排卵后卵泡液对腹膜的刺激引起的，属于正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
4.其他原因：小肚子两侧疼还可能与其他因素有关，如异位妊娠、卵巢囊肿蒂扭转、输尿管结石等。
需要注意的是，小肚子两侧疼的原因可能因人而异，如果疼痛持续时间较长或伴有其他严重症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据具体情况进行相应的治疗。同时，在日常生活中，要注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累和性生活过度，注意个人卫生，保持心情愉悦，有助于预防小肚子两侧疼的发生。