小肚子两侧疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，可能导致小肚子两侧疼痛，同时可能伴有白带异常、阴道出血等症状。
2.附件炎：如果女性患有附件炎，炎症刺激可能导致小肚子两侧疼痛，通常在劳累、性交后及月经前后加重。
3.排卵期腹痛：在排卵期，卵子排出时卵泡破裂以及排卵后卵泡液对腹膜的刺激，可能会导致小肚子两侧疼痛，这是一种正常的生理现象，一般不需要特殊治疗。
4.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，其中以输卵管妊娠最常见。异位妊娠导致的小肚子两侧疼痛通常较为剧烈，还可能伴有阴道出血等症状。
5.卵巢囊肿蒂扭转：当卵巢囊肿体积较大时，可能会发生蒂扭转，导致小肚子两侧疼痛，严重时可能出现恶心、呕吐等症状。
6.输尿管结石：如果结石位于输尿管下段，可能会导致小肚子两侧疼痛，并向会阴部放射。
7.肠痉挛：这是一种常见的胃肠道疾病，可能导致小肚子两侧阵发性疼痛，同时可能伴有腹胀、恶心、呕吐等症状。
8.其他：男性精索静脉曲张、疝气等疾病也可能导致小肚子两侧疼痛。
如果出现小肚子两侧疼痛，建议及时就医，进行相关检查，如超声、血常规等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，在就医前应注意休息，避免剧烈运动，避免食用辛辣、刺激性食物。