遗传因素

自1980年以来，无论家系研究、细胞遗传学研究还是分子生物学研究，均显示孤独症或孤独谱系障碍与遗传因素关系非常密切，遗传度高达80%~90%。

染色体异常、基因突变均可能导致该疾病出现，目前已发现常染色体上10个以上与孤独症相关基因，已确认15％患者存在基因突变，但是多数患者可能是多基因的异常所致。

若孤独症患者的母亲再次怀孕，第二个子女的孤独症患病危险率5％。一些孤独症患者的父母和其他亲属也有社会交往障碍和重复刻板行为。

同卵双生子孤独症谱系障碍的同病率约30％～90％。

生物因素

免疫系统异常：T淋巴细胞数量、辅助T细胞和B细胞数量减少，抑制-诱导T细胞缺乏，自然杀伤细胞活性减低等。

神经内分泌和神经递质：与多种神经内分泌和神经递质功能失调有关。研究发现孤独症患者5-羟色胺和多巴胺水平低，催产素虽然与人类社交行为有关，但其水平与孤独症的关系尚不明确。

脑结构和功能异常：目前研究发现无论脑功能（如丘脑、扣带回、额叶等脑区）、脑结构方面（如小脑、脑干缩小等），相比较健康儿童，孤独症患儿均存在异常。脑结构磁共振研究发现不同年龄阶段的孤独症谱系障碍患者脑体积与正常对照组有差异，推测患者在大脑发育可塑性关键期存在异常。功能磁共振研究发现孤独症谱系障碍患者与社会认知、情绪性推理、语言加工等活动有关的脑区存在功能活动异常。

环境因素

母孕期因素：母孕高龄、母亲怀孕时父亲年龄较大、母孕期有先兆流产、病毒感染、吸烟等，围生期各种并发症，如产伤、宫内窒息等因素。

环境中的有害因素，如肠道菌群、重金属、空气污染等因素都有影响，但目前研究尚未一致。

风险因素

孤独症或孤独谱系障碍的患病率之所以日益增高，原因尚不清楚。除公众意识增强、诊断水平提高外，有学者认为环境因素也发挥着一定的作用，但尚需进一步研究证实。

孤独症谱系障碍影响所有种族的儿童，但某些因素会增加儿童的风险。这些可能包括：

孩子的性别。男孩患自闭症谱系障碍的可能性是女孩的四倍。

家族病史。有一个孩子有患自闭症谱系障碍的家庭，会比别的孩子患有此症的风险增加。不少案例中自闭症谱系障碍患儿的父母或家人本身在社交或沟通技巧方面存在问题，或有某些典型的行为障碍。

其他疾病。患有某些疾病的儿童患孤独症谱系障碍或孤独症样症状的风险要比正常人高。如，结节性硬化症、瑞特综合征等。

极早产婴儿。妊娠26周之前出生的婴儿可能有更高的自闭症谱系障碍风险。

父母的年龄。父母年龄较大的孩子与自闭症谱系障碍之间可能存在某种联系，但是需要更多的研究来证实这种联系。