男性感染衣原体后，部分人可能没有明显症状，而有症状的人，常见的泌尿生殖系统症状方面，尿道炎较为常见，发病后可能在1~3周左右出现症状，表现为尿道刺痒、烧灼感，伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿道口可能有轻度红肿，分泌物多为稀薄浆液性。
泌尿生殖系统症状表现
尿道炎症状： 除了上述尿道刺痒、尿频尿急尿痛等，有些患者尿道分泌物量少，呈浆液性，晨起时可能会发现尿道口有少量黏液性分泌物，糊住尿道口或污染内裤。附睾炎症状： 部分男性衣原体感染可能引发附睾炎，单侧发病较多见，表现为附睾肿大、疼痛，有触痛，阴囊也可能会有红肿等表现。
其他可能出现的症状
直肠感染症状： 如果是通过口-生殖器接触感染衣原体，可能引起直肠感染，男性会出现直肠疼痛、黏液性分泌物、里急后重等症状，但相对比较少见。合并其他感染的情况： 衣原体感染有时可能合并其他病原体感染，比如同时合并淋球菌感染，症状可能会更复杂，尿道炎症状可能加重，分泌物性状等可能有变化。
症状出现的个体差异
不同男性感染衣原体后症状轻重不一，有的症状比较轻微，容易被忽视，而有的可能症状相对明显。另外，感染衣原体后从感染到出现症状的时间也有个体差异，有的可能较快出现症状，有的可能在感染后较长时间才表现出症状。而且，有些男性自身抵抗力等因素不同，症状表现也会有差别。如果怀疑有衣原体感染相关问题，应及时就医进行相关检查以明确诊断。