病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，其中肠道病毒是最常见的致病原，约占病毒性脑炎病因的80%左右。
病毒直接侵袭引发
肠道病毒作祟： 像柯萨奇病毒、埃可病毒等肠道病毒是引发病毒性脑炎的常见“元凶”。它们会通过消化道进入人体，然后随着血液循环到达脑部，直接侵犯脑实质、脑膜等部位，导致脑组织出现炎症反应。疱疹病毒相关： 单纯疱疹病毒也是导致病毒性脑炎的重要病毒之一。其中1型单纯疱疹病毒比较常见，它可引起成人和儿童的病毒性脑炎，会让患者出现发热、头痛、意识障碍等一系列症状。
人体免疫反应导致继发损伤
免疫攻击带来炎症： 当病毒入侵人体后，人体的免疫系统会被激活来对抗病毒。但在这个过程中，免疫系统可能会误伤到自身的脑组织。例如，免疫系统产生的一些免疫细胞和细胞因子在攻击病毒的同时，也会对脑部的神经组织造成损伤，引发炎症反应，进而导致病毒性脑炎的发生。炎症持续加重病情： 这种免疫介导的炎症如果持续存在并加重，会进一步破坏脑组织的结构和功能，使得患者的症状逐渐加重，像出现抽搐、肢体瘫痪等不同的神经系统症状。
易患人群及相关因素
儿童相对更易感染： 儿童的免疫系统发育还不完善，抵抗力相对较弱，所以更容易受到病毒的侵袭而患上病毒性脑炎。尤其是6岁以下的儿童，发病率相对较高。季节与环境影响： 在夏秋季节，肠道病毒活跃，此时儿童如果接触了被肠道病毒污染的水源、食物等，就更容易感染肠道病毒引发病毒性脑炎。而在冬春季节，单纯疱疹病毒等的传播相对容易，也会增加患病风险。另外，居住环境拥挤、卫生条件差等因素也会增加感染病毒的几率，从而间接增加患病毒性脑炎的可能性。