病毒性脑炎主要是由病毒感染引起的，其中肠道病毒是最常见的致病原，约占病毒性脑炎病因的80%左右。
病毒的直接入侵
肠道病毒感染： 肠道病毒中的柯萨奇病毒、埃可病毒等很容易通过消化道进入人体，然后随着血液循环到达脑部，引发病毒性脑炎。比如柯萨奇病毒B组就常导致儿童出现病毒性脑炎症状。疱疹病毒感染： 单纯疱疹病毒是比较常见的引发病毒性脑炎的疱疹病毒。它可以通过呼吸道等途径进入人体，然后潜伏在神经节内，在人体免疫力下降等情况下，就可能激活并侵犯脑部，引起严重的病毒性脑炎。
人体免疫反应的影响
儿童免疫力较弱： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相比成年人更容易受到病毒的侵袭。例如，5岁以下的儿童感染肠道病毒后，发生病毒性脑炎的风险相对较高。老年人免疫功能衰退： 随着年龄增长，老年人的免疫功能逐渐衰退，对病毒的抵御能力下降。像60岁以上的老年人感染单纯疱疹病毒后，患上病毒性脑炎的几率比年轻人要高不少。
环境因素的作用
季节因素： 肠道病毒感染在夏秋季更为多见，因为这个时期气温较高，适合病毒传播，儿童在这个季节如果接触到被肠道病毒污染的水源、食物等，就容易引发病毒性脑炎。卫生条件较差的环境： 在卫生条件不好的地方，人群更容易接触到各种病毒，增加了感染病毒性脑炎的风险。比如一些卫生设施不完善的地区，人们感染肠道病毒的机会增多，进而引发病毒性脑炎的可能性也会增大。