肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是由肛腺感染导致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦被粪便等异物堵塞，就会引发肛腺感染，感染蔓延就可能形成肛周脓肿。
感染因素导致
肛窦感染： 肛窦像一个小口袋，容易积存粪便等污物，细菌容易侵入肛窦引发炎症。比如长期便秘或腹泻的人，粪便刺激肛窦，更易让细菌滋生，进而引发肛腺感染。其他部位感染蔓延： 肛周皮肤的疖肿、毛囊炎等感染，也可能蔓延到肛周间隙引发脓肿。像皮肤破损后细菌入侵，就有导致肛周脓肿的风险。
身体免疫因素影响
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体免疫力相对较低，容易受到细菌感染，发生肛周脓肿的几率比正常人高。比如糖尿病患者血糖长期高于10mmol/L时，感染风险会明显增加。长期使用免疫抑制剂者： 一些器官移植患者需要长期使用免疫抑制剂来防止排异反应，这会使身体免疫力下降，容易引发肛周感染，进而形成肛周脓肿。
不良生活习惯诱发
久坐久站： 长时间久坐久站会影响肛周血液循环，使局部容易淤血，抵抗力下降，增加肛周脓肿的发病可能。比如每天久坐超过8小时的人，比经常活动的人更易患肛周脓肿。饮食不节： 长期酗酒、爱吃辛辣刺激性食物的人，容易刺激肛门直肠部位，导致局部充血，诱发肛周脓肿。例如经常吃辣椒、火锅等辛辣食物的人，肠道湿热容易下注肛门，引发感染形成脓肿。