肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染引发
肛腺位置与作用： 肛腺位于直肠肛管周围，开口于肛窦。肛窦容易积存粪便，一旦发生损伤，就可能导致细菌入侵肛腺，引发感染。感染的肛腺会向周围蔓延，从而形成肛周脓肿。比如，长期不良的排便习惯，像排便时间过长、便秘等，容易造成肛窦损伤，增加肛腺感染风险。
肛周皮肤感染导致
皮肤破损因素： 肛周皮肤如果有外伤，比如被异物划伤、蚊虫叮咬后搔抓导致破损等，细菌就有可乘之机侵入皮肤，进而引发感染形成脓肿。例如，一些人皮肤敏感，蚊虫叮咬后过度搔抓，就可能引发肛周皮肤感染，最终发展为肛周脓肿。卫生状况不佳： 不注意肛周清洁卫生，会使细菌容易在肛周滋生。长时间不清洗肛周，粪便等污垢残留，会增加皮肤感染的概率。比如，部分老年人行动不便，肛周清洁不及时，就更易出现肛周皮肤感染进而引发脓肿。
全身性疾病诱发
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，容易受到细菌感染。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，所以糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人要高。据统计，糖尿病患者合并肛周脓肿的发生率较非糖尿病患者高出数倍。免疫功能低下者： 像艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人群等，他们的免疫系统功能受到影响，对细菌等病原体的抵御能力减弱，容易发生各种感染，包括肛周脓肿。例如，长期服用糖皮质激素的患者，免疫功能被抑制，一旦有细菌侵袭肛周，就容易引发脓肿。