三个月宝宝嗓子有痰，可能是以下原因引起的：
1.呼吸道感染：宝宝的呼吸道比较狭窄，容易受到感染，导致喉咙有痰。常见的症状包括咳嗽、流鼻涕、呼吸急促等。
2.过敏：宝宝对某些物质过敏，也可能引起呼吸道炎症，导致嗓子有痰。过敏症状可能包括打喷嚏、流鼻涕、咳嗽等。
3.喉软化症：这是一种先天性疾病，由于喉部结构发育不完善，导致吸气时喉部组织塌陷，引起气道狭窄，从而使宝宝在吸气时发出呼噜呼噜的声音，好像嗓子有痰。
4.胃食管反流：宝宝的胃容量较小，且胃食管括约肌发育不完善，容易发生胃食管反流，胃酸反流刺激喉部，也可能导致嗓子有痰。
针对宝宝嗓子有痰的情况，可以采取以下措施：
1.保持室内空气湿润：可以使用加湿器增加室内空气湿度，有助于缓解宝宝喉咙的不适。
2.拍背排痰：让宝宝侧卧或抱起，家长用空心掌轻轻拍打宝宝的背部，从下往上，从外向内，帮助宝宝咳出痰液。
3.适当增加水分摄入：多喝水可以帮助稀释痰液，使痰液更容易咳出。
4.观察宝宝的情况：如果宝宝出现咳嗽加重、呼吸急促、发热等症状，应及时就医，以便医生进行进一步的诊断和治疗。
需要注意的是，由于宝宝的年龄较小，身体抵抗力较弱，对于嗓子有痰的情况，家长应密切观察宝宝的症状变化，如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。同时，在就医过程中，应遵循医生的建议，积极配合治疗，以促进宝宝的康复。