胆管结石形成的原因主要有以下几方面：首先是胆汁成分改变，正常胆汁中胆盐、胆固醇、卵磷脂等保持一定比例溶解状态，若某些因素导致胆固醇过多、胆盐或卵磷脂减少，胆固醇就易析出形成结石，有研究显示约40%的胆管结石与胆汁中胆固醇过饱和有关。其次是胆道感染，细菌、寄生虫等病原体在胆道内滋生繁殖，会改变胆汁的理化性质，促使结石形成，比如胆道蛔虫症，蛔虫残体或虫卵易成为结石核心，进而引发胆管结石，临床中约有20% - 30%的胆管结石患者有胆道蛔虫病史。还有胆管解剖变异，胆管结构异常会影响胆汁的正常流动和排泄，使胆汁淤积，胆汁中的成分容易沉淀形成结石，虽然这种情况相对少见，但也是胆管结石的一个诱因。
胆汁成分改变相关因素
胆固醇过饱和：当胆汁中胆固醇含量过高，超出胆盐和卵磷脂能溶解的能力时，胆固醇就会结晶析出，逐渐形成结石。比如长期高脂饮食的人，摄入过多胆固醇，就增加了胆汁中胆固醇过饱和的风险。胆盐比例变化：胆盐分泌减少或者成分异常，会影响对胆固醇的溶解能力。像一些肝脏疾病患者，可能会出现胆盐分泌功能障碍，从而易引发胆管结石。
胆道感染相关情况
细菌感染：大肠杆菌等常见细菌在胆道内繁殖，会产生一些物质破坏胆汁的稳定性，促进结石形成。例如胆道发生慢性炎症时，炎症刺激会改变胆汁的理化性质，为结石形成创造条件。寄生虫感染：除了蛔虫，肝吸虫等寄生虫感染也可能导致胆管结石，寄生虫在胆道内生存会引起胆道局部的炎症反应和胆汁成分改变，进而促使结石形成。
胆管解剖变异影响
胆管狭窄：先天性胆管狭窄或者后天因炎症、手术等导致胆管狭窄，胆汁排出不畅，胆汁中的胆红素、胆固醇等成分就容易沉积形成结石。胆管走行异常：异常的胆管走行会使胆汁流动受阻，胆汁淤积时间长了就容易形成结石，虽然这种解剖变异发生率低，但一旦存在就增加了胆管结石的发生几率。