功能性消化不良的用药需根据具体症状来选择，若有消化不良、早饱等症状，可选用促胃肠动力药；若有上腹痛、反酸等症状，可选用抑酸剂等。
一、促胃肠动力药
适用于以腹胀、早饱、嗳气等为主要症状者。这类药物能增强胃肠道蠕动，促进胃排空，改善消化不良症状。常见的有多潘立酮，它可选择性阻断外周多巴胺受体，发挥促胃肠运动作用。但需注意，孕妇、哺乳期妇女应慎用，儿童使用需谨慎评估。
二、抑酸剂
对于有上腹痛、反酸、烧心等症状的患者适用。包括H₂受体拮抗剂和质子泵抑制剂。H₂受体拮抗剂如雷尼替丁，能抑制基础胃酸及刺激引起的胃酸分泌；质子泵抑制剂如奥美拉唑，可特异性地抑制胃壁细胞H⁺-K⁺-ATP酶，强效抑制胃酸分泌。老年人使用抑酸剂时需关注药物相互作用，肝肾功能不全者可能需要调整剂量。
三、助消化药
适用于消化不良症状较轻者。如消化酶制剂，可补充消化酶，帮助消化食物，改善因消化酶不足引起的消化不良。不同的消化酶制剂针对不同的营养物质消化，可根据具体情况选择。但对于儿童，应选择适合儿童剂型的消化酶制剂，且要注意剂量和使用方法。
四、抗抑郁药
对于伴有明显精神心理因素的功能性消化不良患者适用。如三环类抗抑郁药，可能通过调节胃肠感觉和动力来改善症状。但这类药物有一定的不良反应，如嗜睡、口干等，老年患者使用时要特别注意观察不良反应，且需在医生严格评估后使用。