功能性消化不良可根据具体症状选择药物，如存在消化不良症状可选用促胃肠动力药，伴有酸相关症状可选用抑酸剂等。
一、促胃肠动力药
适用于以腹胀、早饱等为主要症状者。这类药物能增加胃肠道蠕动，促进胃排空，常用的有多潘立酮等。多潘立酮可通过阻断多巴胺受体，促进胃肠蠕动。但需注意，老年人使用时要关注其胃肠功能及药物可能带来的影响，儿童一般不优先使用此类药物，除非有明确适应证且在医生指导下谨慎使用。
二、抑酸剂
对于有明显反酸、烧心等酸相关症状的患者适用。包括H₂受体拮抗剂，如雷尼替丁等，能抑制胃酸分泌；还有质子泵抑制剂，如奥美拉唑等，抑酸作用更强且持久。老年人使用抑酸剂时要注意药物相互作用及可能出现的不良反应，儿童使用需严格遵循医生建议，因为儿童胃酸分泌特点与成人不同，不当使用可能影响正常生理功能。
三、助消化药
适用于消化不良伴进食少的患者。如消化酶制剂，可补充消化酶，帮助消化食物，常见的有复方消化酶等。老年人消化功能本身有所减退，使用助消化药时可关注药物成分及自身消化情况，儿童使用助消化药时也要在医生指导下，根据年龄和病情合理选择合适的制剂。
四、抗抑郁焦虑药
对于伴有明显精神心理因素的功能性消化不良患者可能适用。如三环类抗抑郁药等，但这类药物有一定不良反应，使用需谨慎评估。对于儿童，一般不首先考虑使用抗抑郁焦虑药来治疗功能性消化不良，主要还是以非药物的心理疏导等基础干预为主，若有特殊情况需在专业医生全面评估后谨慎决策。