毛囊炎的治疗药物需根据病情选择，一般外用药物为主，症状严重时可能需配合口服药。比如轻症的毛囊炎，外用莫匹罗星软膏等可能有效。
外用药物治疗
抗生素类外用药： 常用的有莫匹罗星软膏，它可以抑制细菌的生长繁殖，从而缓解毛囊炎症状。还有夫西地酸乳膏，对引起毛囊炎的常见细菌有较好的抑制作用。一般每天涂抹2 - 3次，直接涂在患处即可。抗真菌类外用药： 如果是真菌引起的毛囊炎，会用到酮康唑乳膏。它能抑制真菌的合成，达到治疗效果。使用时也是取适量均匀涂抹在患处，一天使用1 - 2次。
口服药物治疗
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素，像头孢拉定，但要注意对头孢过敏的人不能用。一般成人剂量根据病情遵医嘱服用，通常每天服用几次，每次一定剂量。还有阿莫西林，对多种细菌感染引起的毛囊炎有作用，不过青霉素过敏者禁用。抗真菌类口服药： 若是顽固的真菌性毛囊炎，可能会用到伊曲康唑，但肝功能不全者要谨慎使用，需在医生评估后才能服用。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童患毛囊炎时，外用药物要选择温和且刺激性小的。比如儿童用的莫匹罗星软膏相对安全些，但也需在成人监护下使用。口服药物更要谨慎，一般不轻易使用口服抗生素或抗真菌药，除非病情非常严重，由医生严格评估后决定。孕妇患者： 孕妇得了毛囊炎，外用药物相对安全些，比如一些比较温和的抗生素外用药，但也要咨询医生后再用。口服药物要特别谨慎，因为很多口服药可能会对胎儿产生影响，必须由医生权衡利弊后决定是否使用及选择合适的药物。老年人患者： 老年人患毛囊炎，要注意皮肤的护理。外用药物使用时要注意皮肤的耐受情况，口服药物要考虑老年人的肝肾功能情况，因为老年人肝肾功能可能有所减退，用药时需密切关注，由医生根据具体情况调整药物剂量等。