肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染所致。肛腺开口于肛窦，当肛窦因粪便等异物堵塞时，易引发感染，感染蔓延至肛腺后，炎症会向周围组织扩散，从而形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的硬便、异物等容易损伤肛窦，据统计，约70%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。比如长时间便秘的人，排便时粪便对肛窦的摩擦损伤几率就会增加。肛窦炎症： 肛窦一旦受损，就容易引发炎症，炎症若未及时控制，就会向周围的肛腺蔓延，导致肛腺感染，进而引发肛周脓肿。
其他感染途径引发
肛周皮肤感染： 肛周皮肤受到外伤，如擦伤、刺伤等，细菌可从伤口侵入，引发感染形成脓肿。例如，坐了不干净的凳子导致肛周皮肤受伤后感染，就可能发展为肛周脓肿。身体其他部位感染蔓延： 如患有糖尿病等基础疾病时，身体抵抗力下降，其他部位的感染病灶可能通过血液循环蔓延至肛周，引起肛周脓肿。据临床观察，糖尿病患者发生肛周脓肿的几率比正常人高约2 - 3倍。医源性因素： 如肛门直肠手术操作不当，可能会引起肛周感染，进而形成脓肿。还有结肠镜检查时，如果操作不规范，也有可能导致肠道内细菌进入肛周组织引发感染。
自身因素影响
免疫力低下： 像长期患有慢性疾病、营养不良、过度劳累等情况，会使身体免疫力降低，对细菌的抵御能力减弱，容易发生肛周感染形成脓肿。例如，长期熬夜、饮食不均衡的人，免疫力相对较低，更易患上肛周脓肿。肠道菌群失调： 肠道菌群失调时，有害菌增多，容易导致肛窦等部位感染，从而增加肛周脓肿的发病风险。比如长期大量使用抗生素的人，肠道菌群容易失调，引发肛周感染的几率上升。