肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口在肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤引发感染，进而波及肛腺，感染蔓延就可能形成肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙粪便等容易损伤肛窦，据统计，约85%的肛周脓肿患者存在不同程度的肛窦损伤情况。比如长期便秘的人，排便时粪便过硬，很容易擦伤肛窦，为细菌入侵创造条件。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体起到润滑肛管的作用，但如果肛窦发生炎症，肿胀的组织可能会阻塞肛腺导管，导致肛腺分泌的液体无法正常排出，从而在腺体内积聚，为细菌滋生提供了温床。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易发生肛周脓肿，有研究表明，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。像一些长期服用免疫抑制剂的患者，如器官移植后需要服用免疫抑制剂来防止排异反应的人，他们的免疫系统被抑制，抵御细菌感染的能力减弱，患肛周脓肿的风险也会增加。儿童群体： 儿童的免疫系统尚在发育中，相对较弱，也是肛周脓肿的高发人群之一。儿童如果不注意肛门周围卫生，更容易受到细菌侵袭，引发肛腺感染进而形成肛周脓肿。
其他相关因素
局部卫生不良： 不注意肛门局部清洁，粪便残留容易滋生细菌。比如有些孩子玩耍后不及时清洗肛门，就可能增加肛周脓肿的发病风险。成年人如果长期忽视肛门局部卫生，也会增加患病几率。肛周外伤： 肛门部位受到外伤，如异物刺伤、肛门指检时操作不当等，也可能导致细菌侵入，引发感染形成肛周脓肿。例如，进行肛门指检时，如果操作粗暴，可能会损伤肛管周围组织，从而引发感染。