矮小症的引起原因较多，其中遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，孩子出现矮小症的几率相对较高。据统计，约70%的矮小症与遗传因素有关。
遗传因素导致
基因遗传：人体的身高有一定的遗传倾向，由多个基因共同调控。如果父母双方或者一方身材矮小，孩子从父母那里遗传了相关的矮小基因，就容易出现矮小症。比如父母一方身高较矮，孩子身高低于同年龄、同性别正常儿童平均身高的2个标准差以上的概率会增加。家族遗传背景：家族中如果有矮小症的家族史，那么后代患矮小症的风险相对更高。例如家族中连续几代人都存在身材矮小的情况，那么这个家族的后代需要更关注身高发育情况。
内分泌因素引发
生长激素缺乏：生长激素是促进人体生长的重要激素，如果垂体分泌生长激素不足，就会影响身高增长。儿童时期垂体病变等原因可能导致生长激素分泌减少，从而引发矮小症。一般来说，生长激素缺乏导致的矮小症，患儿身高增长速度明显缓慢，每年身高增长通常低于4厘米。甲状腺功能减退：甲状腺分泌的甲状腺激素对生长发育也起着关键作用。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响骨骼的生长和发育，导致生长迟缓，出现矮小症。患儿除了身材矮小外，还可能伴有智力发育迟缓、面色苍白、皮肤粗糙等症状。
疾病因素导致
慢性疾病影响：一些慢性疾病会影响孩子的生长发育，从而引发矮小症。比如先天性心脏病、慢性肾病等。以慢性肾病为例，患儿由于肾脏功能受损，体内代谢紊乱，影响营养物质的吸收和激素的正常调节，导致生长缓慢。患有慢性疾病的儿童身高增长往往明显落后于正常儿童。骨骼疾病所致：某些骨骼疾病也会引起矮小症，如软骨发育不全。这是一种先天性软骨发育障碍性疾病，患儿长骨生长受阻，表现为四肢短小，身材矮小，但躯干相对正常。还有先天性骨发育不全等骨骼疾病，都会影响骨骼的正常生长，导致身高低于正常水平。