附睾囊肿是否影响生育不能一概而论，一般较小的附睾囊肿通常不会影响生育，而较大的附睾囊肿可能会对生育有一定影响，有研究显示约10% - 15%的较大附睾囊肿患者可能出现生育相关问题。
附睾囊肿的大小与生育的关系
较小附睾囊肿：直径小于1厘米的附睾囊肿，对睾丸的生精功能和精子运输通常影响较小，一般不太会影响生育。因为其对附睾内精子的储存、成熟及运输通道的阻塞等影响轻微，精子能够正常通过和排出。较大附睾囊肿：当附睾囊肿直径大于2厘米时，就可能会对生育产生影响。较大的囊肿可能会压迫附睾管，影响精子的运输，导致精子排出受阻，进而影响受孕几率。同时，囊肿的存在可能会改变附睾内的微环境，影响精子的成熟和活力。
附睾囊肿的位置与生育的关系
头部囊肿：附睾头部的囊肿相对来说对生育的影响相对较小。因为精子主要在附睾尾部成熟，头部囊肿对精子运输的直接影响相对没那么大，但如果囊肿较大也可能会有一定影响。尾部囊肿：附睾尾部的囊肿对生育的影响相对更明显。因为附睾尾部是精子储存和进一步成熟的重要部位，囊肿如果发生在尾部，很容易阻塞精子的通道，使精子无法顺利排出，严重影响生育功能。
附睾囊肿的病因与生育的关系
先天性因素导致的附睾囊肿：如果是先天性发育异常引起的附睾囊肿，部分可能同时伴有其他影响生育的生殖系统发育问题。比如先天性附睾管闭锁等情况合并囊肿时，生育受影响的可能性就会增加。炎症性因素导致的附睾囊肿：由附睾炎等炎症引起的附睾囊肿，炎症本身可能已经对附睾组织造成了一定损伤，再加上囊肿的存在，会进一步干扰精子的正常运输和成熟，从而影响生育。炎症可能会导致附睾管粘连、狭窄等，与囊肿共同作用影响生育。