附睾囊肿是否影响生育不能一概而论，一般较小的附睾囊肿通常不会影响生育，而较大的附睾囊肿可能会对生育产生一定影响。据临床观察，约有10% - 15%的附睾囊肿患者可能会出现生育相关问题。
囊肿大小与生育的关系
较小囊肿：当附睾囊肿直径小于1厘米时，对睾丸的生精功能和输精管道通常影响较小，这种情况下一般不太会影响生育。因为较小的囊肿不会明显压迫睾丸组织，也不会阻碍精子的正常输送。较大囊肿：如果附睾囊肿直径超过2厘米，就有可能压迫附睾管，影响精子的运输。同时，较大的囊肿还可能影响睾丸局部的微环境，进而干扰精子的生成和成熟，从而增加生育困难的风险。
囊肿位置对生育的影响
附睾头部囊肿：附睾头部的囊肿相对来说对生育的影响可能相对小一些，但如果囊肿较大，也可能会对精子从睾丸输出的通道产生一定阻碍。不过相比附睾尾部的囊肿，其影响程度可能稍低。附睾尾部囊肿：附睾尾部是精子储存和进一步成熟的重要部位，此处的囊肿更容易影响精子的储存和排出。因为精子在附睾尾部停留并获得受精能力，如果尾部囊肿存在，会直接干扰精子的储存环境，明显增加对生育的不良影响概率。
囊肿伴随其他病变时的影响
合并附睾炎：如果附睾囊肿同时合并有附睾炎，炎症会进一步破坏附睾的结构和功能。附睾炎会导致附睾组织充血、水肿，甚至出现瘢痕形成，这会严重影响精子的运输和生存，极大地增加了不育的可能性。合并精索静脉曲张：当附睾囊肿合并精索静脉曲张时，两种病变相互影响，会进一步加重睾丸局部的血液循环障碍，影响精子的生成和质量，使得生育受到更为明显的阻碍，这种情况下生育问题的发生几率会显著升高。