肛门瘙痒可能由多种原因引起。据统计，约有超过半数的肛门瘙痒是由局部因素导致的。
局部皮肤因素
肛周皮肤疾病： 比如湿疹，这是比较常见的原因。肛周湿疹会使皮肤出现红斑、丘疹、水疱等改变，伴有剧烈瘙痒，患者会不自觉地搔抓，进一步加重症状。还有股癣，由真菌感染引起，会在肛周及大腿内侧出现环状红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒。寄生虫感染： 常见的是蛲虫感染，尤其在儿童中较为多见。蛲虫在夜间会爬到肛周产卵，刺激肛周皮肤，导致瘙痒，尤其是在夜间睡眠时症状更明显。
肛肠疾病因素
痔疮： 当痔疮发作时，痔核脱出，会刺激肛周皮肤，导致分泌物增多，进而引起肛门瘙痒。尤其是内痔脱出嵌顿后，局部血液循环不畅，更容易引发瘙痒。肛瘘： 肛瘘外口会持续有脓性、血性、黏液性分泌物排出，这些分泌物刺激肛周皮肤，就会造成肛门瘙痒，有时还会伴有肛周皮肤潮湿、红肿等表现。
全身性因素
内分泌失调： 例如糖尿病患者，由于血糖升高，皮肤含糖量增加，有利于霉菌生长繁殖，容易发生真菌感染，从而引起肛门瘙痒。甲状腺功能亢进患者，新陈代谢加快，也可能出现皮肤瘙痒的症状，包括肛门部位。肝胆疾病： 像黄疸患者，血液中胆盐含量升高，会刺激神经末梢，导致全身皮肤瘙痒，肛门部位也不能幸免。
不良生活习惯因素
卫生习惯不佳： 不注意肛周清洁，粪便残渣残留，会刺激肛周皮肤引发瘙痒。比如有些人排便后不用温水清洗肛周，就容易出现这种情况。穿着不恰当： 穿紧身、不透气的内裤，或者化纤材质的内裤，会使肛周局部环境潮湿、不透气，容易滋生细菌、真菌等，进而导致肛门瘙痒。