大便时肛门疼痛可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。
疼痛：肛裂引起的疼痛多剧烈，有典型的周期性。排便时，粪便刺激溃疡面的神经末梢，引起肛门剧烈疼痛，便后数分钟疼痛缓解，随后因肛门括约肌收缩再次剧痛，可持续数小时，此期称疼痛间歇期。
便秘：患者因肛门疼痛不愿排便，久而久之引起便秘，粪便更为干硬，便秘又加重肛裂，形成恶性循环。
出血：一般出血量较少，或仅在粪便表面带血，或便后纸上有血。
2.外痔：肛门缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫色，便后或久坐后肛门肿胀、疼痛。
3.内痔：发生在肛管齿状线以上，内痔一般不痛，以便血、痔核脱出为主要症状。
4.肛管或直肠损伤：肛管或直肠因外伤或手术而导致的损伤，也可能引起肛门疼痛。
5.肛门直肠周围脓肿：是指肛门周围间隙发生的急慢性感染而形成的脓肿，脓肿破溃或切开引流后常形成肛瘘。其主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不显。
6.肛管直肠癌：肛管直肠癌破溃感染或肛管直肠炎、肛窦炎等感染可引起肛门直肠周围脓肿。患者可有不同程度的肛门部不适、疼痛、肛门瘙痒、肛门直肠胀满、黏液便、腹泻或便秘等。
7.其他：肛门部手术、饮食不节、腹泻、便秘等也可引起大便时肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼痛的情况，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。