大便时肛门内疼痛可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.内痔或混合痔：内痔或混合痔发生嵌顿，可出现肛门疼痛。内痔或混合痔是肛门直肠疾病中的常见病、多发病，主要是由于肛垫下移学说和静脉曲张学说。
3.肛管直肠周围脓肿：是肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。肛门周围脓肿主要表现为肛周持续性跳动性疼痛，行动不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。
4.血栓性外痔：肛门缘皮下静脉破裂，血液淤积皮下形成血栓，伴有剧痛。肛门检查时可发现肛门部有暗紫色圆形肿物，边界清楚，触痛明显。
5.肛窦炎：肛窦炎是指肛门齿线部的肛隐窝炎症性病变。其临床表现为肛门部不适、潮湿、瘙痒，有时伴有疼痛。
6.其他：肠道炎症性疾病、肛门直肠外伤、肛管或直肠恶性肿瘤等也可引起大便时肛门内疼痛。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合患者的具体症状、体征以及相关检查来明确诊断。如果出现大便时肛门内疼痛，建议及时就医，以便明确病因并采取相应的治疗措施。