大便时肛门疼痛的原因可能有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。主要表现为肛门不适、潮湿不洁，有时伴有瘙痒。如果发生血栓形成及皮下血肿，有剧痛，称为血栓性外痔。
3.肛管及肛门周围炎症：例如肛窦炎、肛乳头炎、肛周脓肿、肛瘘等，均可因炎症刺激肛门括约肌，导致肛门疼痛。
4.肛门、肛管损伤：如肛裂、侧切后、内痔注射等，因肛门括约肌痉挛，可引起明显疼痛。
5.肛管或直肠肿瘤：肛管及直肠的良恶性肿瘤，在病程中也会出现肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼痛的症状，建议及时就医，明确诊断，以便采取相应的治疗措施。