大便时肛门疼痛的原因可能有以下几种：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可变大。一般无明显症状，发生血栓及炎症时可有肿胀、疼痛。
3.内痔：以便血、脱出为主要症状，严重时可喷血、痔核脱出后不能自行还纳，需用手推回。
4.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤，随着病情进展，肿瘤不断增大，可导致大便时肛门疼痛。
5.其他：肛门异物损伤、肛管及直肠炎症、肛周脓肿等也可引起大便时肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼痛，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，在日常生活中应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯。