自然流产没流干净，应根据残留物的大小、位置等情况选择合适的处理方法，包括以下几种：
1.药物治疗：如果残留物较小，且没有明显的症状，可以遵医嘱使用益母草颗粒、新生化颗粒等药物促进子宫收缩，帮助残留物排出。
2.清宫手术：如果残留物较大，或存在明显的症状，如持续阴道出血、腹痛等，可能需要进行清宫手术。清宫手术是一种较为常见的妇科手术，通过负压吸引的方式将宫腔内的残留物清除干净。
3.其他治疗方法：如果患者年龄较大、有生育需求或存在其他禁忌症，也可以选择宫腔镜下清宫术等治疗方法。
需要注意的是，自然流产后没流干净应及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，在治疗期间应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止盆浴和性生活。饮食上应注意加强营养，多吃富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，促进身体恢复。